序号 | 项目及品种名称 | 规格/型号 | 物资质量技术标准或 服务内容及标准要求 | 计量 单位 | 采购 数量 | 预算单价(万元) | 预算 总金额 (万元) |
项目名称 | 78.1 | ||||||
1 | 多组学检测 | 转录组学 | 1. 样本类型:白膜层细胞 2. rna提取要求:(1)rna总量要求:每个样本rna提取量不低于100ng且浓度不低于50ng/μl;(2)rna完整性要求:rna的rin≥4 3. 建库方式要求:普通转录组文库 ●4. 测序平台:illumina xplus 5.上机模式:pe150测序 6. 数据量及质控要求:(1)数据量要求:每个样本有效数据量≥6 g raw data;(2)下机数据质量要求,q20>90%,q30>85%,gc分布正常。 7. 生信分析要求 7.1数据质控:对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理、数据产出统计及测序数据的成分和质量评估。 7.2参考基因组比对分析。 7.3基因表达水平分析:样本间基因表达水平的相关性分析、主成分分析、基因差异表达分析。 7.4差异表达基因中转录因子鉴定。 7.5差异基因富集分析:go、kegg富集分析。 7.6差异表达基因的蛋白质互作网络分析。 7.7 gsea分析。 8. 周期要求:30个自然日内交付结果 | 例 | 280 | 0.0405 | 11.34 |
2 | 宏基因组学 | 1. 样本类型:粪便 2. 样本提取质控要求:(1)dna提取量要求:单个样本提取dna总量不低于25ng且浓度不低于5ng/μl 3. 建库方式要求:dna小片段文库 ●4. 测序平台:illumina xplus 5.上机模式:pe150测序 6. 数据量及质量要求:(1)数据量要求:每个样本有效数据量≥6 g raw data;(2)数据质量要求,q20>90%,q30>85%,gc分布正常 7. 生信分析要求 7.1数据质控:对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理、数据产出统计及测序数据的成分和质量评估。 7.2 metagenome组装。 7.3基因预测及丰度分析:gene catalogue统计、core-pan 分析、基因数目差异分析(异箱图、venn图/花瓣图)、相关性分析。 7.4物种相对丰度分析:物种相对丰度概况,注释基因数目及相对丰度聚类分析,基于物种丰度的降维分析、anosim分析、聚类分析、metagenomeseq分析、lefse 分析、random forest分析。 7.5功能注释及分析:kegg、eggnog、cazy、phi、vfdb、注释基因数目分析、功能相对丰度概况、功能相对丰度聚类分析、基于功能丰度的降维分析、anosim分析、聚类分析、代谢通路比较分析、代谢通路注释基因数目及差异ec分析、metagenomeseq分析、lefse 分析。 7.6抗性基因注释及分析:抗性基因丰度概况,抗性基因类型的分布及丰度聚类分析,基于抗性基因丰度的anosim分析、组间抗性基因数目差异分析、metagenomeseq分析、lefse分析、抗性基因与物种归属关系。 8. 周期要求:30个自然日内交付结果 | 例 | 120 | 0.0435 | 5.22 | |
3 | 非靶向代谢组学 | 1.样本类型:血浆,尿液,唾液 ●2. 色谱仪器平台满足:扫描速率最高12 hz,分辨率在m/z 200处为140,000,质量范围:50至6000m/z。动态范围>5000:1;质量准确度:内部:<1 ppm rms,外部:<3 ppm rms。灵敏度:全扫描ms:柱上500 fg丁螺环酮s/n 100:1,sim:柱上50 fg丁螺环酮可获得100:1或更佳的s/n。 3. 检测时间要求:使用内标大于5个,正负离子模式,单个样本检测时长20-30 min。 4. 生信分析要求 4.1数据质控:qc相关性分析、总样品pca分析; 4.2代谢物定性定量分析,代谢物分类分析; 4.3代谢物通路及分类注释:hmdb注释,lipid注释,lipidmaps等; 4.4差异代谢物筛选:pca分析、pls-da分析、火山图分析、火柴杆图分析、venn图、箱线图、小提琴图、聚类分析热图、k-means分析、相关性热图、z-score分析等; 4.5差异代谢物富集分析:kegg分类图、kegg气泡图、kegg通路图、kegg调控网络图分析等 4.6gsea分析及差异代谢物roc曲线分析(生物标志物筛选); 4.7代谢组学与宏基因组学关联分析。 5.分析软件及数据库要求 5.1分析软件要求:使用compound discover 进行数据分析; 5.2分析数据库要求:利用不少于两个代谢化合物数据库(包含mzcloud、mzvault等)进行搜库鉴定及注释。 6. 周期要求:30个自然日内交付结果 | 例 | 620 | 0.027 | 16.74 | |
4 | dia定量蛋白质组学 | 1. 样本类型:血浆 2. 蛋白提取质控要求:每个样本提取获总量不低于10 μg,且浓度不低于1 μg/μl。 ●3.质谱仪器平台满足:动态范围单张 orbitrap 质谱谱图内 >;5,000,质量检测范围在40-8,000道尔顿,质量准确度:外标法<3ppm rms;内标法 <1 ppm rms,质量分辨率m/z 200 时高达480,000,扫描速率200 hz。 ●4.液相色谱仪满足:最大压力1500 bar (21,750 psi),流速范围1 nl/min - 100 μl/min,增幅为 1 nl,色谱柱温度范围高于环境温度 5°c 至 80°c。 ●5. 采用top14 abundant protein depletion 中型离心柱方法去除血液中的高峰度蛋白。 6.仪器运行时间要求:单个样品上机时间10-20 min。 7.有设备连续30个自然日以上的稳定测试,且拥有血液大队列样本(n>300)经验和批次效应处理的方案。 8. 生信分析要求 8.1数据质控:dia质控报告、鉴定总览统计表格; 8.2蛋白功能注释:功能注释结果venn图、低丰度蛋白浓度注释分析、组织特异性分泌注释分析、亚细胞定位分析、结构域注释分析、go功能注释分析、cog功能注释分析、kegg功能注释分析、转录因子分析等; 8.3定量分析:定量统计结果、pca分析、重复性分析; 8.4差异蛋白筛选和分析:火山图、差异蛋白浓度注释分析、聚类分析、富集分析(go、kegg、结构域、亚细胞定位)、组织特异性分泌注释分析、gsea分析、互作分析等; 8.5 dia质控:肽段长度分布、内标irt检出分析、unique肽段数分布; 8.6蛋白组与代谢组、转录组关联分析。 9. 蛋白鉴定数量要求:合格样品鉴定的蛋白数量不低于2000个。 10.周期要求:30个自然日内交付结果 | 例 | 280 | 0.16 | 44.8 |
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